15 Temmuz 2016 Darbe girişimi sonrası Türkiye genelinde başlayan FETÖ operasyonları kapsamında Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi eski Rektörü Prof. Dr. Arif Yılmaz da gözaltına alındı.

Rektörlük döneminde personel alım ilanındaki usulsüzlük sebebiyle görevinden istifa eden ve yerini şimdiki Rektör Prof. Dr. Hüseyin Karaman'a bırakan Arif Yılmaz, emekliliğini istemiş ve İstanbul'da ticaretle uğraşmaya başlamıştı.

RTEÜ Tıp Fakültesi'nin kurulması aşamasında emeği olan Rizeli Yılmaz’ın Rektörlük dönemlerinde Paralel yapının RTEÜ’de kadrolaşmasına önderlik ettiği iddiasıyla gözaltına alındığı öğrenildi.