2016-2017 Ziraat Türkiye Kupası 2. Eleme Turu Kura Çekimi TFF'nin Beykoz-Riva'daki idari merkezinde bulunan Orhan Saka Salonu'nda yapıldı.
Spor Toto Süper Lig ekiplerinden Yeşil-Mavili Çaykur Rizespor, Spor Toto 3. Lig ekiplerinden Manisa Büyükşehir Belediyespor ile eşleşti. Karşılaşma Manisa ekibinin sahasında oynanacak.
Tek maçlı eleminasyon sistemine göre oynanan Ziraat Türkiye Kupası 2. Eleme Turu'nda karşılaşmalar 20, 21 ve 22 Eylül 2016 tarihinde oynanacak.
Diğer eşleşmeler şöyle; Manisaspor - Çorum Belediyespor Silivrispor - Ümraniyespor Elaziz Belediyespor - Tokatspor Sivas Belediyespor - Bucaspor Sivasspor - Tire 1922 Spor Kahramanmaraşspor - Hacettepespor Hatayspor - Balıkesirspor Elazığspor - Sarayönü Belediyespor Kırklarelispor - Etimesgut Belediyespor 24 Erzincanspor - Adanaspor Fatih Karagümrük - Giresunspor Nazilli Belediyespor - Kartalspor Yeni Malatyaspor - Kurtalanspor Konya Anadolu Selçukspor - Altınordu Kastamonuspor 1966 - Tuzlaspor Adana Demirspor - Büyükşehir Belediye Erzurumspor Aytemiz Alanyaspor - Sancaktepe Belediyespor Zonguldak Kömürspor - Şanlıurfaspor Yomraspor - İstanbulspor Gaziantep Büyükşehir Belediyespor - Düzcespor Kayseri Erciyesspor - Yeni Amasyaspor Kırıkhanspor - Fethiyespor Dersimspor - Wskişehirspor Bandırmaspor - Yeşil Bursa Keçiörengücü - Anadolu Üsküdar 1908 Ofspor - Kardemir Karabükspor Eyüpspor - Gaziantepspor Samsunspor - Diyarbekirspor İnegölspor - Halide Edip Adıvarspor Afjet Afyonspor - Karşıyaka Manisa Büyükşehir Belediyespor - Çaykur Rizespor Trabzonspor - Serhat Ardahanspor Sarıyer - Bodrum Belediyesi Bodrumspor Ankara Adliyespor - Menemen Belediyespor Bayrampaşa - Bursaspor Boluspor - Nevşehir Spor Gençlik Kocaeli Birlikspor - Sakaryaspor Düzyurtspor - 1461 Trabzon Kızılcabölükspor - Mersin İdmanyurdu Amed Sportif Faaliyetler - Niğde Belediyespor Büyükçekmece Tepecikspor - Manavgatspor Darıca Gençlerbirliği - Ankaragücü Karaman Belediyespor - Gümüşhanespor Göztepe - Kütahyaspor Bugsaşspor - Sultanbeyli Belediyespor Orhangazispor - Kayserispor Cizrespor - Aydınspor 1923 Pendikspor - Türk Metal Kırıkkalespor Denizlispor - Kemerspor 2003
